Badanie USG jest zawsze bardzo bezpieczne i zwykle nieinwazyjne (wykonywane z zewnątrz ciała). Jednak niektóre skany są wykonywane za pomocą specjalnej sondy, która jest umieszczana w pochwie osoby (w przypadku niektórych badań położniczych oraz miednicy), odbytnicy (w przypadku niektórych badań prostaty) albo przełyku (w przypadku niektórych badań serca). Czasami lekarze używają ultrasonografii do monitorowania, a także kierowania procedurami inwazyjnymi, takimi jak biopsja piersi lub tarczycy.